1984年（昭和59年）
| 6月4日 | 福井県高等学校問題協議会答申「第４学区（嶺南地区）は私立が望ましい」 |
1985年（昭和60年）
| 1月9日 | 嶺南地区私立高等学校設置推進協議会で私立高等学校設置承認 |
| 1月21日 | 私立高等学校設置準備事務局設置 |
| 2月25日 | 財団法人学校法人領南学園創立準備財団設置許可 |
| 4月1日 | 敦賀気比高等学校校地、敦賀市と使用貸借契約締結 |
| 11月18日 | 学校法人嶺南学園設立発起人会 |
| 12月23日 | 学校法人嶺南学園寄付行為認可・敦賀気比高等学校設置認可 |
1986年（昭和61年）
| 1月6日 | 学校法人嶺南学園登記完了・中川平太夫 初代理事長 就任 |
| 1月22日 | 灘高校と協力校提携 |
| 3月25日 | 財団法人から学校法人への債権引継ぎ |
| 4月1日 | 薮野耕作 初代学校長 就任 |
| 4月6日 | 入寮式 |
| 4月7日 | 開学式、高校第1回入学式 |
| 4月25日 | 父母と教師の会発足 |
| 12月20日 | 敦賀気比高等学校建設第1期・第2期工事総合落成式 |
1987年（昭和62年）
| 6月14日 | 中川平太夫 初代理事長 逝去 |
| 7月17日 | 高木孝一 第二代理事長 就任 |
| 10月13日 | 付属中学校設置認可 |
1988年（昭和63年）
| 4月7日 | 付属中学校開校、第1回入学式 |
| 11月26日 | 第2体育館工事完成 |
1989年（平成元年）
| 3月11日 | 高校第1回卒業式 |
| 3月23日 | 教育後援会発足 |
| 4月1日 | 小和田金一 第二代学校長 就任 |
| 4月1日 | 工業コースを電子情報コースに変更 |
| 11月28日 | 付属中学校学則定員変更認可 |
1990年（平成2年）
| 4月1日 | 隔週5日制導入 |
| 5月12日 | JRC全校加盟 |
1991年（平成3年）
| 3月23日 | 付属中学校第1回卒業証書授与式 |
| 4月7日 | 付属中学校卒業生32名全員敦賀気比高等学校へ進学 |
1992年（平成4年）
| 3月21日 | 第三種電気主任技術者資格認定 |
| 4月1日 | 為国重夫 第三代学校長 就任 |
| 6月8日 | ロシア極東大学と友好校協定書締結 |
| 9月10日 | ハワイ・ワイパフ高等学校と友好校議定書締結 |
| 11月15日 | 高校2年国際科修学旅行（中国・北京 3泊4日） |
1993年（平成5年）
| 4月1日 | 普通科4コース（特別進学・進学・教養・電子情報）を、普通科（特別進学・進学）、国際科（ロシア語・英語）、電子情報科の3学科4コースに再編 |
| 5月6日 | 英語コース全寮制研修 |
| 7月30日 | 韓国・大田高校と友好校議定書締結 |
| 8月10日 | 中国・北京外国語大学と友好校議定書締結 |
| 9月6日 | ロシア語コース全寮制研修 |
| 9月28日 | 付属中学校学則定員変更認可 |
1994年（平成6年）
| 4月1日 | 伊藤昭三 第四代学校長 就任 |
| 4月1日 | 国際科に中国語・ハングル語コースを、電子情報科に電気・情報コースを新設 |
| 6月5日 | ロシア語コース海外研修 |
| 6月9日 | 英語コース海外研修 |
| 8月8日 | 第76回全国高等学校野球選手権大会に初出場 |
1995年（平成7年）
| 7月4日 | 国際科4コース揃っての海外研修 |
| 8月8日 | 第77回全国高等学校野球選手権大会に出場（ベスト4） |
1996年（平成8年）
| 3月19日 | 第2寮工事完成 |
| 4月1日 | 田結 年 第五代学校長 就任 |
1997年（平成9年）
| 4月1日 | 栗田幸雄 第三代理事長 就任 |
1999年（平成11年）
| 4月1日 | 塚谷才治 第六代学校長 就任 |
2000年（平成12年）
| 4月1日 | 国際科募集を停止し、普通科3コース（特別進学・進学・教養）、電子情報科に再編 |
2003年（平成15年）
| 4月1日 | 河瀬一治 第四代理事長 就任 |
2004年（平成16年）
| 4月1日 | 山内雅夫 第七代学校長 就任 |
2007年（平成19年）
| 4月1日 | 電子情報科募集を停止し、普通科3コース（特別進学・進学・教養）に再編 |
| 4月1日 | サイエンス・パートナーシップ・プロジェクト講座型学習活動採択事業 |
2008年（平成20年）
| 4月1日 | 菊崎俊一 第八代学校長 就任 |
2009年（平成21年）
| 4月 | 併設型中高一貫教育校として文部科学省に届け出（併設型としては県内唯一） |
| 8月8日 | 第91回全国高等学校野球選手権大会出場 |
2010年（平成22年）
| 3月21日 | 第82回選抜高等学校野球大会出場（ベスト8） |
2012年（平成24年）
| 3月21日 | 第84回選抜高等学校野球大会出場 |
| 10月15日 | 付属中学校がユネスコスクール加盟校認可 |
2013年（平成25年）
| 3月22日 | 第85回記念選抜高等学校野球大会出場（ベスト4） |
2014年（平成26年）
| 8月11日 | 第96回全国高等学校野球選手権大会出場（ベスト4） |
2015年（平成27年）
| 3月21日 | 第87回選抜高等学校野球大会出場（初優勝） |
| 8月6日 | 第97回全国高等学校野球選手権大会出場 |
| ４月1日 | 新制服導入。（２０２１年より女子のスラックス導入。また夏用長袖ブラウスも導入） |
2016年（平成28年）
| 3月20日 | 第88回選抜高等学校野球大会出場 |
| 4月1日 | 宇野晃成 第五代理事長 就任 |
2017年（平成2９年）
| 4月1日 | 古谷清和 第九代校長 就任 |
20２２年（令和４年）
| 4月1日 | １年生より、特別進学コース・進学コースの２コース編成に変更。進学コースには「一般専攻」、「中国語専攻」、「美術専攻」、「技能開発専攻」の４専攻を設置。また進学コースの学業成績上位者で選抜クラスへの所属を希望する生徒を対象として、「進学選抜クラス」を新設 |
20２４年（令和６年）
| 4月1日 | 1年生より「オンライン英会話」を授業に導入（付属中学校、特進コース、進学コース探究専攻で実施） |
| 4月1日 | 進学コースに「探究専攻」を新設 |